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责编 | 王一
可变剪接(Alternative Splicing, AS) 是丰富基因功能的关键过程，在植物生长发育和环境响应中发挥重要作用。内含子保留 （Intorn Retention, IR） 是植物中最常见的选择性剪接事件，比如在拟南芥中约60%的AS为IR事件。尽管公共数据库中有大量来自不同处理和突变体相关的RNA-seq 文库，但查看基因每个内含子在不同处理和突变体中的剪接率的资源十分匮乏。
近日，南方科技大学生物系植物与食品研究所翟继先课题组在国际知名学术期刊SCIENCE CHINA Life Sciences在线发表了可以方便快速查询~57,000个植物公共RNA-seq文库内含子剪接效率的在线资源 （PISE, https://plantintron.com/） ，论文题为Plant Intron-Splicing Efficiency Database (PISE): exploring splicing of ~1,650,000 introns in Arabidopsis, maize, rice, and soybean from ~57,000 public RNA-seq libraries。该数据库 （Plant Intron-Splicing Efficiency Database , PISE） 整理了来自SRA，GEO，DDBJ及ENA中包括拟南芥 （25,283） 、玉米 （17,789） 、水稻 （10,710） 和大豆 （3,974） 在内的四个物种的超 57,000 个植物公共 RNA-seq 文库，涵盖了这四个物种的约160 万个内含子。在该工作中，作者使用统一的流程对所有文库进行内含子剪切效率分析之外，并手动过滤和注释了所有与突变和处理相关的文库，进而对3,313 个处理相关和3,594 个基因突变体相关的分组进行差异剪切效率进行分析。
为了方便用户查询，PISE支持选定物种之后的进行基因名查询，以多种形式的表格或者图片返回查询结果，包括该基因中每个内含子的剪切情况，所选择的内含子在不同组织、不同发育时期、不同非生物胁迫和生物胁迫下的剪切特异性，以及内含子在不同突变体和胁迫条件下的差异剪切情况。此外，PISE内嵌基因组浏览器 （IGV Online） ，支持用户查看感兴趣的区域在不同文库中的覆盖情况。为便于研究者之间快捷地分享最新搜索结果，PISE提供了网页共享功能，并定期更新文库资源，研究者可通过共享按钮来共享当前结果。
图1. PISE查询结果
A: 选定的内含子在所有公共文库中的剪切效率表；B: 选定的内含子在不同组织中的IR水平，以及该内含子IR上调的处理和突变体；C: 选定的内含子保留水平散点图；D:IGV展示不同文库中IR情况。
南方科技大学生物系翟继先副教授为该论文的通讯作者，课题组硕士研究生张洪为第一作者。生物系贾津布研究助理教授也参与了本研究的部分工作。该研究得到了广东省创新创业团队等项目的资助。
http://engine.scichina.com/doi/10.1007/s11427-022-2193-3
翟继先课题组主页集贤斋链接：
www.jixianzhai.org
课题组其他数据库资源：
拟南芥RNA-seq数据库：
ARS: http://ipf.sustech.edu.cn/pub/athrna/
植物RNA-seq数据库：
PPRD: http://ipf.sustech.edu.cn/pub/plantrna/
拟南芥small RNA数据库：
ASRD: http://ipf.sustech.edu.cn/pub/asrd/
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